具体地说，微观结构（电子/空穴，官能团）对光子的吸收性。存在较多自由电子或空穴的物质，或者易谐振的官能团，吸收和反射大部分可见光，就不透明了。
透明的物质，如果存在晶体结构，由于界面折射，也会不透明。