１９５７年７月５日人民日报全文刊登了马寅初的名著《新人口论》。
对于马寅初控制人口的提案，毛泽东并没有断然否决。１９５７年１０月９日毛泽东曾提出：“人口问题，三年试点，三年推广，四年普做，达到计划生育，是否可能？”这事实上是采纳了马寅初的提案。不幸的是，随着“大跃进”的发动，毛泽东在《介绍一个合作社》一文中说：“除了党的领导之外，六亿人口是一个决定的因素，人多议论多，热气高，干劲大。”观点发生了变化。
在这个背景下，党内大奸康生、陈伯达发动了对马寅初的大批判。曾与国民党反动派势不两立的民主斗士马寅初，一下子变成了历史上一贯反动的罪人；与共产党肝胆相照、苍天可鉴的马寅初，一下子成了反党、反社会主义、反马列主义、反毛泽东思想的马尔萨斯和艾奇逊。康生要把马寅初打成右派，由于周总理的干预未能得逞。但据许涤新同志在一篇序文中揭露，马寅初仍被打入了“内定右派”的花名册。
在那些“左”倾拔扈的岁月中，遭到错误批判和处置的人很多，违心地检讨甚至“认罪”者不乏其人。马寅初的特别可贵之处，在于他为国为民坚持真理，身处逆境时宠辱皆忘，斗志弥坚。面对全国性的大批判，马寅初公开声明：
我虽年近八十，明知寡不敌众，自当单枪匹马，出来应战，直至战死为止，决不向专以力压服不以理说服的那种批判者们投降。
这真是“一点浩然气，千里快哉风！”
马寅初遭到错误批判后，辞去了北京大学校长的职务，离开了燕南园６３号，住进了东总布胡同３２号。世态炎凉，门可罗雀。但也不尽然，周培源、陈叔通都曾看望过马寅初。陈毅元帅不请自来，用他那宏钟般的声音对马寅初说：“你的人口理论完全正确，一定要坚持，不检讨是对的，我支持你！”陈毅与马寅初有过共事关系，是同志和朋友，一文一武，两条好汉。在政治高压下，马寅初没有写过一个字的检讨，这在那个年月，恐怕是绝无仅有独一无二的大丈夫。
科学规律是不依任何人的意志为转移的。在批判马寅初的同时，科学规律毫不留情地惩罚着愚昧。中国的人口年年月月分分秒秒地猛增着，给国计民生带来极大的压力，而且难于短期克服。１９７４年１２月２９日毛泽东在审阅《关于1975年国民经济计划的报告》时批示：人口非控制不行。这句话，竟与十七年前马寅初《新人口论》中的三个小标题完全一致！